董继扬, 张璇, 邓伶莉, 许晶晶. 一种受扰动代谢通路确定方法及系统. 发明专利. ZL 2020 1 0008409.3, 2023.03.14 (授权)

许晶晶，王远山，董继扬. 一种基于非负矩阵分解的质谱数据缺失值填补方法及系统. 发明专利. ZL 2020 1 0701528.7, 2022.08.12 (授权)

董继扬, 龙怡驰, 邓伶莉. 一种基于圆弧切线模型的核磁共振波谱基线校正方法. 发明专利. ZL 2020 1 1594412.4, 2021.10.29. (授权)

秦家辉, 徐向南, 董继扬, 许晶晶. 基于核磁共振和质谱的代谢组学数据融合方法及其应用. 发明专利，ZL 2018 1 1130259.2, 2020.03.06 (授权)

董继扬, 邓伶莉. 一种模型自适应的NMR代谢组学数据归一化方法. 发明专利. ZL 2015 1 0084309.8, 2017.05.03 (授权)

董继扬, 郭磊, 胡振兴, 徐向南, 许晶晶. 一种用于质谱成像数据的交互式空间分割方法. 发明专利. 申请号: 202210072775.4 (2022.01.07)，公开号: CN 114494175 A (2022.05.13)

董继扬, 吴昕玥，邓伶莉. 一种基于代谢物关联网络的受扰动通路分析方法. 发明专利. 申请号: 202111301560.7()，公开号: CN 114038509A (2022.02.11)

许晶晶, 黄自鑫, 郭磊, 董继扬. 一种用于预测蛋白质翻译后修饰位点的深度学习方法及其在线系统. 发明专利. 申请号: 202210406078.8 (2022.03.05), 公开号: CN 114724630 A (2022.07.08)

董继扬, 先后松, 郭磊, 朱晋宇. 一种苏木素-伊红(H&E)染色显微图像驱动的质谱成像超分辨重构方法. 发明专利. CN 115272069 A (2022.11.01公开), 202210729711.7 (2022.06.24申请)

高祥, 刘星星, 董继扬. 一种直接质谱鉴定含氨基代谢物同分异构体的方法及其应用. 发明专利. CN 111896669 A, 2020.11.06 (公开)