许晶晶
职称：高级工程师、硕导
系别：电子科学系
Email：jingjing@xmu.edu.cn
联系方式：0592-2183301
办公地点：厦门大学翔安校区文宣楼
教育背景
厦门大学 无线电物理 博士 2005.9 – 2011.7
厦门大学 电子信息科学与技术 学士 2001.9 - 2005.7
主要研究方向
网络建模新方法及其在生物医学领域的应用研究
多组学数据融合
主讲课程
研究生课程《文献检索及科技英文论文写作》
学术兼职
福建省等离子体与磁共振研究重点实验室 行政秘书
成果奖励
《基于代谢组学的解毒化浊祛瘀法干预肝豆状核变性肝纤维化机制研究》安徽省中医药科学技术奖三等奖
课题项目
国家自然科学基金，地区科学基金项目，个体化分子网络建模新方法应用于结直肠癌代谢异质性研究，2024-01至2027-12，合作主持；
福建省自然科学基金，面上项目，基于代谢表型的网络分析新方法及其在腧穴配伍效应评价中的应用，2020-05至2023-05，主持；
国家自然科学基金，青年项目，基于网络分析的代谢组学新方法及在结直肠癌研究中的应用，2019-01至2021-12，合作主持；
福建省自然科学基金，青年项目，基于核磁共振代谢组学技术研究艾灸胃经穴治疗慢性萎缩性胃炎癌前病变的作用机制，2015-04至2018-04，主持；
国家自然科学基金，面上项目，基于核磁共振代谢组学技术研究电针胃经穴对胃黏膜损伤修复的脑胃响应机制，2015-01至2018-12，合作主持；
近五年发表论文
[1] Shah M, Liu SY, Guo L, Zhang YS, Deng LL, Xu XN, Fei ZD, Xu JJ*, Dong JY*. MSInet: A self-supervised CNN framework integrating global and local context for robust mass spectrometry imaging segmentation. Analytical Chemistry, 2025, DOI: 10.1021/acs.analchem.5c04885.
[2] Shah M, Wang LL, Guo L, Xie CY, Lam TKY, Deng LL, Xu XN, Xu JJ*, Dong JY*, Cai ZW. SagMSI: A graph convolutional network framework for precise spatial segmentation in mass spectrometry imaging. Analytica Chimica Acta, 2025, 1358, 344098.
[3] Guo L, Xie CY, Diao X, Lam TKY, Zhong YH, Chen YY, Xu JJ, Xu XN, Zhu XY, Xiong Z, Luo SY, Wang JN, Dong JY*, Cai ZW*. De-MSI: A deep learning-based data denoising method to enhance mass spectrometry imaging by leveraging chemical prior knowledge. Analytical Chemistry, 2025, 97(37), 20201–20208.
[4] Guo L, Xie PS, Shen XH, Lam TKY, Deng LL, Xie CY, Xu XN, Wong CKC, Xu JJ, Fang JC, Wang XX, Xiong Z, Luo SY, Wang JN, Dong JY*, Cai ZW*. Unraveling spatial heterogeneity in mass spectrometry imaging data with GraphMSI. Advance Science, 2025, 12(8), 2410840.
[5] Shah MDS, Guo L, Xu XN, Deng LL, Lu KY, Dong JY, Zhao C*, Xu JJ*. eLIMS: Ensemble learning-based spatial segmentation of mass spectrometry imaging to explore metabolic heterogeneity. Journal of Proteome Research, 2024, 23(8): 3088-3095.
[6] Guo L, Xie CY, Miao R, Xu JJ, Xu XN, Fang JC, Wang XX, Liu WP, Liao XW*, Wang JN*, Dong JY*, Cai ZW*. DeepION: A deep learning-based low-simensional representation model of ion images for mass spectrometry imaging. Analytical Chemistry, 2024, 96(9), 3829–3836.
[7] Guo L, Zhu JY, Wang KQ, Cheng KK, Xu JJ, Dong LH, Xu XN, Chen C, Shah M, Peng ZX, Wang JN, Cai ZW, Dong JY*. Multimodal image fusion offers better spatial resolution for mass spectrometry imaging. Analytical Chemistry, 2023, 95(25), 9714–9721.
[8] Guo L, Liu XX, Zhao C, Hu ZX, Xu XN, Cheng KK, Zhou P, Xiao Y, Shah MDS, Xu JJ*, Dong JY*, Cai ZW. iSegMSI: An interactive strategy to improve spatial segmentation of mass spectrometry imaging data. Analytical Chemistry, 2022, 94(42):14522-14529.
[9] Xu JJ, Wang YS, Xu XN, Cheng KK, Raftery D, Dong JY*. NMF-based approach for missing values imputation of mass spectrometry metabolomics data, Molecules, 2021, 26(19): 5787.
[10] Guo L, Wang YP, Xu XN, Cheng KK, Long YC, Xu JJ, Li SS, Dong JY*. DeepPSP: A global-local information-based deep neural network for the prediction of protein phosphorylation sites, Journal of Proteome Research, 2021, 20: 346-356.
[11] Guo L, Hu ZX, Zhao C, Xu XN, Wang SJ, Xu JJ, Dong JY, Cai ZW*. Data filtering and its prioritization in pipelines for spatial segmentation of mass spectrometry imaging, Analytical Chemistry, 2021, 93, 4788-4793.
[12] Liu WP, Xu JJ, Dai T, Shen GP, Feng JH*. An integrating strategy for serum metabolomics and microarray analysis to expand the understanding of diet-induced obesity, Analytical Methods, 2021, 13(28): 3127-3135.
[13] Xu JJ, Liu YJ, Xu XN, Cheng KK, Yang ZB, Dong JY*. Selection of Acupoints Combination Based on Pseudo Mutual Information Maximization. IEEE Access, 2020, 8, 153707–153718.
授权专利
[1] 发明专利：基于边信息熵有偏游走的异构网络节点表示方法及系统。授权日期：2025年11月1日
[2] 发明专利：基于标签传播网络的质谱成像空间超分辨重构方法及系统。授权日期：2025年10月21日
[3] 发明专利：基于质谱成像数据的同位素峰识别方法、装置及可读介质。授权日期：2025年8月12日
[4] 发明专利：用于预测蛋白质翻译后修饰位点的深度学习方法。授权日期：2024年5月31日
[5] 发明专利：一种基于非负矩阵分解的质谱数据缺失值填补方法及系统。授权日期：2022年8月12日
